Ctenosaura bakeri được mô tả lần đầu tiên bởi nhà động vật học gốc Na Uy Leonhard Hess Stejneger năm 1901, khi đang làm việc cho Viện Smithsonian.[9] Tên chi, Ctenosaura, xuất phát từ hai từ tiếng Hy Lạp: ctenos (Κτενός), nghĩa là "lược" (do những gai giống lược trên lưng và đuôi), và saura (σαύρα), nghĩa là "thằn lằn".[8] Tên loài, bakeri, là để vinh danh Frank Baker, bạn và đồng nghiệp Stejneger, người từng là giám đốc Vườn thú Quốc gia tại Washington, D.C..[7]

Loài này được tin rằng là đã tiến hóa từ một tổ tiên trong đất liền, có lẽ có cùng tổ tiên với C. melanosterna và C. palearis, do phát sinh loài cho thấy nó gần gũi với hai loài kia hơn C. similis.[4]